Статья посвящена двум основным тесно связанным направлениям, которыми занимается отдел физиологии животных и биохимии ИнБЮМ – экологической биоэнергетике и физиолого-биоимической экологии. В отделе изучаются функциональные и метаболические основы: адаптаций, биоразнообразия, жизненных циклов, продуктивности и трофических отношений, индикаторов состояния организмов и популяций рыб и беспозвоночных Чёрного, Азовского, Средиземного морей, тропических районов Мирового океана. Приведены важнейшие результаты этих исследований. Сформулированы экологические принципы физиолого- биохимических исследований гидробионтов.