Поиск по ключевым словам "16S рРНК"

Сейчас показывается 1 - 2 из 2
  • Миниатюра
    Материал
    АНАЛИЗ ГЕНЕТИЧЕСКОГО И ТАКСОНОМИЧЕСКОГО РАЗНООБРАЗИЯ БАКТЕРИОПЛАНКТОНА ЧЁРНОГО МОРЯ МЕТОДОМ NGS
    (Севастополь: ЭКОСИ-Гидрофизика, 2016) Белых, О. И.; Муханов, В. С.; Краснопеев, А. Ю.; Рылькова, О. А.; Бутина, Т. В.; Тихонова, И. В.; Сахонь, Е. Г.; Потапов, С. А.
    Методом массового параллельного секвенирования фрагмента гена 16S рРНК (NGS – next-generation sequencing) исследован бактериопланктон (включая фильтрующиеся формы) Севастопольской бухты (Чёрное море), р. Чёрная (юго-западный Крым) и гиперсоленого озера на мысе Херсонес (юго-западный Крым). Выявлены значительные различия в генетическом и таксономическом составе микробных сообществ из разных биомов и размерных фракций (пико >0.2 мкм и фемто <0.2 мкм).
  • Миниатюра
    Материал
    Генотипирование черноморских трематод семейства Opecoelidae по митохондриальным маркерам
    (2020) Катохин, А. В.; Корнийчук, Ю. М.
    Opecoelidae Ozaki, 1925 (Trematoda: Opecoeloidea) — ведущее по числу видов и родов семейство трематод в Чёрном море. Мариты наиболее распространённых видов черноморских опецелидных трематод подробно описаны морфологически, однако сведения о структуре их геномов отрывочны, а данные о митохондриальных геномах отсутствуют полностью. Цель исследования — получить первые сведения о строении участков митохондриального генома представителей наиболее распространённых в Чёрном море в современный период родов трематод семейства Opecoelidae для последующего уточнения их таксономического статуса. Филогенетические отношения внутри анализируемой части этого семейства реконструированы на основе данных, полученных нами, и соответствующих данных из GenBank с помощью алгоритма Maximum Likelihood и модели нуклеотидных замен HKY. Для укоренения филогенетического дерева использованы соответствующие последовательности Brachycladium goliath (Brachycladioidea: Brachycladiidae). Поскольку последовательности CO1 — стандартного и наиболее популярного митохондриального маркера — для исследуемых родов опецелид до сих пор не были известны, нами на основе известных соответствующих последовательностей Xiphidiata разработаны праймеры для амплификации фрагмента CO1, чтобы впервые провести соответствующий филогенетический анализ. Впервые определены и депонированы в GenBank нуклеотидные последовательности фрагментов митохондриальных генов CO1 и 16S черноморских трематод Cainocreadium flesi Korniychuk & Gaevskaya, 2000, Gaevskajatrema perezi (Mathias, 1926) Gibson & Bray, 1982 и Helicometra fasciata (Rudolphi, 1819) Odhner, 1902 от разных видов дефинитивных хозяев — рыб. У C. flesi не выявлено специфичных к окончательным хозяевам — рыбам линий по структуре фрагмента митохондриального гена CO1, однако отмечено высокое CO1-нуклеотидное разнообразие. У марит черноморских H. fasciata определена приуроченная к зеленушкам-руленам Symphodus tinca CO1-гаплогруппа, статус которой требует дальнейшего выяснения; необходимы экологические и генетические исследования предполагаемого видового комплекса H. fasciata из разных акваторий. При анализе последовательностей фрагмента митохондриального гена 16S рРНК гостальных генетических линий у H. fasciata выделить не удалось. У черноморских G. perezi не обнаружено значительных различий по фрагменту 16S между трематодами из окончательных хозяев разных видов, однако внутривидовое 16S-нуклеотидное разнообразие оказалось высоким.